一、目的
　　雖然兩者都是通過(guò)抗原抗體反應(yīng)對(duì)蛋白質(zhì)進(jìn)行檢測(cè)，WB主要還是定性，Elisa可以定性，也可以定量。
　　WB所檢測(cè)的一般是抗原，而Elisa抗原抗體都可以檢測(cè)。
　　WB所檢測(cè)的抗原可以知道其分子量的大小，或是否是多聚體、降解產(chǎn)物等，一句話，WB可以確定所用抗體是與那種蛋白起作用的；而Elisa無(wú)能為力，一鍋端了。

　　二、模式
　　WB是（抗原-抗體-二抗酶）模式進(jìn)行檢測(cè)；Elisa模式有多種，如（抗原-抗體-二抗酶）、（抗原-抗體-抗原酶）、（抗抗體-抗體-抗原酶）、（抗體-抗原-抗體酶）、（抗抗體-抗體-抗原-抗體酶）等等很多很多。

　　三、抗體的適用性
　　WB所適用的一抗一般是線性位點(diǎn)的，ELISA線性或構(gòu)象型抗體都可以使用。從另一個(gè)意義上講，WB可以做抗體是線性位點(diǎn)還是構(gòu)象型位點(diǎn)的補(bǔ)充判定，而Elisa不行。

　　四、靈敏度
　　一般Elisa的靈敏度要遠(yuǎn)高于WB，這從一般酶標(biāo)記物的使用濃度或待檢樣品的稀釋度上就可以看出。

　　五、可操作性
　　WB一次處理量就是一塊膠版，10-20個(gè)樣品最多了。Elisa一塊96孔板一次可以處理96個(gè)樣本，可以設(shè)置多個(gè)復(fù)孔、對(duì)照、梯度樣等來(lái)提高檢測(cè)的可信度。
　　WB操作常見(jiàn)的非特異性條帶，膜本底差，顯色不好等等缺點(diǎn)在Elisa上表現(xiàn)得要好得多。

　　六、商品化度
　　WB不管怎樣，都要自己先做電泳。而Elisa有很多成熟的商品化試劑盒了，只要不怕花錢，檢測(cè)要方便快捷得多。